Проверка транспорта в FPE выполняется на компьютере с запущенным сервером Exchange Server, на котором установлена роль транспортного сервера-концентратора или пограничного транспортного сервера. При проверке транспорта могут проверяться все сообщения электронной почты типа MIME и UUENCODE, проходящие через стек передачи сайта или организации Exchange. Программа проверки передаваемых данных осуществляет поиск вредоносных программ во вложениях, а также поиск внедренных и HTML-вирусов в тексте сообщений.