При импорте всей конфигурации можно выбрать вариант - импорт или перезапись (восстановление). Отличие в следующем.

Импорт При выборе импорта все данные в указанном файле .xml будут добавлены к существующим сведениям конфигурации. Это значит, что уже настроенные правила стерты не будут.
Перезапись При выборе перезаписи существующая конфигурация стирается. Для конфигурации будут определены только сведения конфигурации в импортированном файле .xml.

См. также